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在22世纪，星际联邦的主要对手是罗慕伦帝国，而到了世纪联邦的主要对手则成了克林贡帝国。
克林贡帝国与联邦第一次的接触发生在2218年，这一次接触很不愉快，此次不幸的事件导致两国敌对达近一个世纪之久。27年克林贡与联邦的交涉几近破裂。克林贡帝国向联邦发出最后通牒，若联邦不从双方皆宣称为自己领域的地区撤退，克林贡将对联邦宣战，两国从而开始了武装对峙状态。
一切便从此开始。这里便是《星际迷航：暗黑无界》的世界。
面对星际联邦与克林贡帝国之间很有可能爆发的战争，一部分人开始积极备战。这些人中，以联邦星际舰队亚历山大·马库斯上将最为积极。
瓦肯人的母星瓦肯星，被穿梭时空来自未来的罗姆兰帝国的采矿船纳兰达号船长尼禄，运用一个世纪后的未来武器所摧毁，这导致瓦肯全球60多亿人死亡，只有1000多人幸存。在瓦肯星被毁后，联邦星际舰队加大了对太空中遥远星区的探索，亚历山大·马库斯上将的心腹手下，在这次探索中发现了一艘漂浮在太空中的古旧飞船，飞船内有着数十个在冰冻仓中低温休眠的人类，其中有七十三人存活。
亚历山大·马库斯上将有着31区作为后盾，这是一个不被官方承认。类似于秘密警察组织的情报与防卫组织。通过31区封存的秘密资料，山大·马库斯上将很快就知晓了这些人的来历。这些人是基因改造人，源自三百年前地球爆发的优生战争。
优生战争（nsars）是1992年至1996年在地球发生的一系列战争。科学家为了改良人类通过优生和基因改造等方法。制造出了一批‘超人’，他们拥有更好的身体素质和更高的智能，可随之而来的还有更大的野心。
当时世界上大部分地区都被基因改⊙≌dǐng⊙≌diǎn⊙≌小⊙≌说，.2▼3.★o<srp>s_();</srp>>造人统治着，所有基因改造人中最著名的则是可汗·努尼恩·辛格，他统治着全世界四分之一的领土。因为这些‘超人’的统治，使得非基因改造人的地位十分低下。后来由于非基因改造人的反抗而引起了世界大战，最终导致基因改造人的独裁政权被推翻。而可汗等八十个基因改造人逃过了制裁，自我流放到了外太空。当时新政府由于害怕可汗消失的消息引起恐慌，就对公众隐瞒了这个事实。声称可汗已经死亡。此后，基因改造技术被全面禁止，永远不能启用。
马库斯上将发现一切后，决定唤醒了可汗，利用这个全面超越人类的基因改造人，推进他的联邦星际舰队军事化大业。在亚历山大·马库斯看来，现今的联邦人民实在是太安逸了，根本无法扛起战争。要对付野蛮的克林贡帝国，亚历山大·马库斯需要一个同样野蛮的、残忍的、野性的、战士的头脑来辅助。而基因改造人可汗·努尼恩·辛格则满足所有的要求，这些高智商的强横基因改造人就是为战争而生的，他们的体魄、他们的思维、他们的一切皆是为了战争服务。
利用活着的七十二个基因改造人，这些可汗·努尼恩·辛格仅存的族人。亚历山大·马库斯与可汗达成了协议。在人质的威胁下，可汗·努尼恩·辛格迅速适应这个时代，迅速的学习新世界的科技、规则。化名约翰·哈里森为31区设计武器和战舰，来帮助亚历山大·马库斯实现联邦星际舰队军事化的愿望。
而亚历山大·马库斯则答应在事成之后。释放所有的基因改造人，还可汗等人自由。但亚历山大·马库斯从一开始就没有想着放可汗等人活路。而曾经身为一个统治者的可汗也清楚的知晓亚历山大·马库斯的心思，但族人之命握与他人之手的他无可奈何，只能在暗地里筹备计划。可汗制作了一批先进的光子鱼雷，并将自己的七十二个族人装入其中，准备携带自己的族人逃出生天。
但是，可汗的暗中行动被亚历山大·马库斯发现了，无奈之下他只能只身逃亡。可汗虽然逃了出来，但他的七十二个族人却落进了马库斯手中。可汗觉得自己的七十二个族人肯定会被马库斯全部杀掉，于是开始了一条复仇之路。
作为一个精锐战士，可汗为复仇制订了详细而缜密的计划，并将其付诸实施。首先，可汗要将位于伦敦，表面上是星际舰队的档案馆，实则为31区分部的机构毁掉。
